Alle Banken sind dazu verpflichtet, die Höhe der tatschlich genutzten Freibeträge an das Bundeszentralamt für Steuern in Bonn zu melden. Seit 1999 hat das Bundeszentralamt keine Informationen mehr über die Höhe der gestellten Freistellungsaufträge, sondern nur noch über den tatsächlich genutzten Sparer-Pauschbetrag. Stellt das Bundeszentralamt für Steuern fest, dass der in Anspruch genommene Freibetrag den Sparer-Pauschbetrag überschreitet erfolgt eine Meldung an das zuständige Finanzamt. Dieses wird den Steuerzahler dann zur Abgabe einer Einkommensteuererklärung und der Anlage KAP auffordern. Dort hat der Steuerzahler seine Kapitaleinkünfte offen zu legen. Möchten Sie verhindern, dass Sie gegenüber dem Finanzamt Ihre Einkünfte erklären müssen, dann dürfen Sie Freistellungsaufträge nur in Höhe des Sparer-Pauschbetrags von derzeit 801 Euro für Alleinstehende und 1.602 Euro für Ehepartner stellen.
Ab dem Jahr 2011 wird mit den Freistellungsaufträgen auch die persönliche Steuer-Identifikationsnummer übermittelt. Damit können die erteilten Freistellungsaufträge eindeutig einer Person zugeordnet werden und die Kontrolle wird für das Finanzamt erheblich einfacher. Sie sollten also in Zukunft noch deutlicher darauf achten, die Freistellungsaufträge korrekt zu stellen. Wenn Sie ohnehin Online-Banking nutzen, besteht bei vielen Banken inzwischen die Möglichkeit den Freistellungsauftrag online nach Bestätigung durch das PIN/TAN-Verfahren abzugeben.
Bestehende Freistellungsaufträge bleiben vorerst wirksam. Die Banken müssen den Kunden vorher Fragen, ob er der Einholung der Steuer-Identifikationsnummer zustimmt.